در ادامه رویکرد تقابلی دولت ترامپ در مقابل ترتیبات و نهاد‌های بین‌المللی، سازمان تجارت جهانی نیز با چالش‌های عمده‌ای در راستای انجام کارکردهای خود به ویژه سازوکار حل و فصل اختلاف مواجه شده است. دولت ترامپ معتقد است که سازمان تجارت جهانی مانع از حمایت آمریکا از کارگران خود شده و همچنین با نادیده گرفتن رفتارهای تجاری نامنصفانه و یک‌جانبه چین به جایگاه آمریکا در عرصه تجارت جهانی لطمه جدی وارد کرده است. الحاق چین به سازمان تجارت جهانی در دسامبر ۲۰۰۱ و افزوده شدن بازار یک میلیارد نفری به عرصه تجارت، به همان میزان که فرصتی عظیم برای شرکت‌ها و تجار محسوب می‌شد، برای کارگران آمریکایی شوکی عظیم به شمار می‌آمد. اصولاً قواعد سازمان با پیش‌بینی پیوستن اقتصادی همچون چین نوشته نشده بود. بنابراین به ادعای برخی، مشکلات ساختاری سازمان مانع از این شده که بتواند بابت استفاده چین از شرکت‌های به ظاهر خصوصی و در عین حال حمایت دولتی برای چیرگی بر صنایع جهانی با این کشور برخورد کند. آمریکا، به ویژه تصمیم سازمان برای پذیرش ادعای چین مبنی بر شناسایی وضعیت خود به عنوان کشور در حال توسعه و در نتیجه بهره‌برداری از مزایای این جایگاه را به شدت مورد انتقاد قرار داده است، حال آن که امروزه چین اقتصاد دوم جهان محسوب می‌شود. همچنین، پرداخت یارانه به کالاهای چینی و در نتیجه ارزان‌فروشی چین با اعتراض شدید آمریکا مواجه شده است
سازمان تجارت جهانی سازوکار منسجمی برای اجرای احکام و مجازات‌های خود دارد و در صورتی که یک کشور از رفتارهای تجاری کشور دیگر زیان ببیند، به طرف زیان دیده این امکان را می‌دهد که با وضع تعرفه به تلافی و جبران دست بزند. در نتیجه، به باور بسیاری از صاحب‌نظران، سازوکار حل و فصل اختلاف سازمان موجب ایجاد حاکمیت قانون در حوزه تجارت بین‌المللی شده است. با وجود این، منتقدان و در راس آنها دولت آمریکا حتی در دوره اوباما، رکن تجدیدنظر سازمان را به طولانی کردن حل و فصل اختلاف به بیش از ۹۰ روزِ پیش‌بینی شده طبق قوانین سازمان و از همه مهم‌تر، خروج از اختیارات خود و وضع قواعد جدید متهم کرده‌اند. به طور کلّی، آمریکایی‌ها و اروپایی‌ها دو رویکرد کاملاً متفاوت را نسبت به قواعد بین‌المللی به ویژه تجاری در پیش گرفته‌اند. آمریکا شدیداً مخالف تجاوز از قواعدی است که صراحتاً مورد توافق قرار گرفته‌اند، حال آن که اروپا حامی یک رویه قضایی نیرومند و قاعده‌ساز است. به همین دلیل، به طور مشخص آمریکا طی دو سال اخیر مانع از نصب اعضای رسیدگی‌کننده جدید در رکن تجدیدنظرخواهی سازمان تجارت جهانی شده است. در واقع، نصب اعضای جدید در رکن تجدیدنظرخواهی مستلزم توافق تمامی دولت‌های عضو است. همچنین، پنل تجدیدنظرخواهی متشکل از ۷ عضو است و برای رسیدگی به یک پرونده حضور ۳ عضو ضروری است. تا ۱۰ دسامبر ۲۰۱۹ تنها ۳ عضو در پنل حضور داشتند که دوره تصدی دو نفر آنها نیز در این تاریخ منقضی شد و در حال حاضر تنها یک عضو باقی مانده است. حتی اگر هر سه عضو نیز حضور داشتند، به دلیل منحصر شدن دایره انتخاب طرفین احتمالی اختلاف به این سه عضو و بروز تضاد منافع (مثلاً در صورتی که یکی از اعضا تبعه یکی از طرفین اختلاف باشد) عملاً رکن تجدیدنظر بلااستفاده باقی می‌ماند. حال آمریکا با ممانعت از نصب اعضای جدید، عملاً سازوکار حل و فصل اختلافات در سازمان تجارت جهانی را فلج ساخته است. از سوی دیگر، هرگاه آرای تجدیدنظر خوشایند اعضا نبود، آنها می‌توانستند اختلافات خود را از طریق مذاکره حل نمایند اما این روش نیز سال‌هاست به دلیل عدم ایجاد توافق ناکام بوده است و هر عضو نیز در قبال هرگونه آزادسازی تجاری چندجانبه حق وتو دارد. البته برخی از اعضا راهکارهایی را برای مقابله با این بن‌بست پیش‌بینی کرده‌اند، مثلاً از قبل توافق می‌کنند که در صورت بروز اختلاف از حق تجدیدنظرخواهی استفاده نکنند یا این که به عنوان نمونه، اتحادیه اروپا، کانادا و نروژ بر سازوکار داوری موقتی توافق کرده‌اند که از اعضای بازنشسته رکن تجدیدنظر سازمان تجارت جهانی استفاده می‌کند. هرچند این روش‌ها بسیار موردی است و کارآمدی آن در صورت بروز اختلافات شدید تجاری در هاله‌ای از ابهام قرار دارد
نتیجه این وضعیت این است که فارغ از تضعیف سازمان و حتی به مخاطره افکندن موجودیت آن، دولت‌های طرف اختلاف ناگزیر در خارج از این سازوکار با وضع تعرفه‌های فزاینده و تصاعدی علیه یکدیگر موجب شکل‌گیری یک جنگ گسترده تجاری و وضعیت آنارشی در تجارت بین‌المللی شده و بدین ترتیب آن را با مخاطره روبه‌رو می‌سازند
حال با همه این ابهامات و نقایص در سازمان تجارت جهانی، پرسشی که ذهن فعالان عرصه تجارت و اقتصاد در ایران را به خود مشغول ساخته این است که آیا پیوستن ایران به سازمان تجارت جهانی به بهبود فضای کسب و کار در ایران کمک می‌کند؟ در وضعیت کنونی به نظر می‌رسد که کمترین مزیت الحاق ایران، کمک به دستیابی به اهداف کلان، افزایش رقابت‌پذیری در بخش مزیت‌دار، ارسال سیگنال ثبات و پیش‌بینی پذیری به سرمایه‌گذاران خارجی، رانت‌زدایی، شفافیت و رقابت‌پذیری است. البته این امر جز با اصلاح ساختار تصمیم‌سازی، ایجاد تحول در سیاست‌های تجارت خارجی، تدوین دیپلماسی اقتصادی و توصیف راهبردهای تعامل با کشورهای منطقه و جهان امکان‌پذیر نیست. عدم الحاق ایران به سازمان تجارت جهانی، همکاریهای جدی اقتصادی نه تنها با اتحادیه اروپا بلکه با چین، هند و ترکیه را نیز دشوار می‌سازد. از سوی دیگر، برخلاف برجام، معاهده سازمان تجارت جهانی هم در کنگره آمریکا و هم در مراجع قانون‌گذاری کشورهای دیگر تصویب شده است و بنابراین، فروپاشی آن به این آسانی‌ها نیست و همچنین تا آینده قابل پیش‌بینی مخرج مشترک منافع اقتصادهای بزرگ از آمریکا تا چین است. حتی اگر سازمان تجارت جهانی به علت جنگ‌های تجاری و کاستی‌های بزرگ موجود کاملاً ضعیف یا بی‌خاصیت شود، مقررات کلیدی آن طی سالیان دراز در قوانین داخلی عمده کشورهای جهان نهادینه شده است. بنابراین فارغ از بحث الحاق، اجرای ضوابط اساسی سازمان تجارت جهانی یک ضرورت ملّی است